INTRODUCCIÓN: La endoscopia digestiva no sólo permite el diagnóstico endoscópico sino además tomar citologías y biopsias. Actualmente la citología no solamente permite el estudio orgánico de lesiones tumorales sino también el diagnóstico morfológico certero de enfermedades infecciosas (parásitos, hongos, bacterias y virus). OBJETIVOS: Mostrar la diversidad de aplicaciones de la citología como método diagnóstico en gastroenterología. MÉTODOS: Se estudiaron retrospectivamente (21 años de archivo) las citologías de todos los órganos digestivos que tuvieran confirmación diagnóstica dada por la biopsia, pieza quirúrgica y/o revisión de la historia clínica. Excepto en las citologías gástricas para diagnosticar H. pylori, en las cuales se probaron otras técnicas de coloración, los extendidos citológicos se fijaron en alcohol de 95° y se colorearon con hematoxilina y eosina. RESULTADOS: Se analizaron 1870 citologías de esófago, unión esófago-gástrica, estómago, duodeno, colon, hígado y líquido ascítico, de las cuales el 28% fueron positivas de malignidad. En 625 citologías gástricas se buscó H. pylori, encontrándose en 51% de las muestras. Se detectaron (con presencia de coilocitos malignos) 8 carcinomas epidermoides asociados a PVH-16, 2 linfomas esofágicos y 2 gástricos, una metástasis hepática de carcinoma epidermoide de esófago y 1 metástasis peritoneal de carcinoma epidermoide de cuello uterino. Se detectó la bacteria Helicobacter heilmanni en un paciente con úlcera gástrica ureasa positiva, se diagnosticaron 2 casos de tuberculosis peritoneal y 17 esofagitis severas por Candida albicans. También se demostró la presencia de trofozoítos de E. histolytica en 2 pseudoquistes hepáticos. CONCLUSIONES: La citología es un método de amplio espectro diagnóstico en Gastroenterología cuando las muestras son bien tomadas y el citopatólogo está bien informado y adiestrado.